生物与食品工程系第二课堂成立于2023年，属于亳州学院生物与食品工程系团总支组织，以“能提高人才自主培养质量，为国家各领域人才队伍建设添砖加瓦，培育更多信仰坚定、敢闯会创的青年英才”为宗旨、以“让同学们在学习课本知识的同时尽可能多地增加相关专业课外知识的积累，着重培养同学们的综合实践能力”为目的。为了工作的有条不紊，第二课堂设立了调查部、办公室部、活动管理部、信息部，互相辅助以便工作有序进行。
一、组织架构
生物与食品工程系成立“第二课堂成绩单”制度实施小组，依照规定开展本系相关工作，支持二课活动的开展，审核第二课堂成绩认定结果及系学生第二课堂成绩单学分的录入、汇总及归档。
二、负责人
负责人：李萌
负责第二课堂的全面工作，掌握各部的运作情况、工作目标达到与否，全权监督、指导第二课堂相应部门所承办的活动。团结第二课堂的各部门、各成员，及时发现、解决存在的问题和工作矛盾，加强学生会的凝聚力，以利于工作有效的开展。
三、二课部门
1、调查部
调查部的宗旨是用事实说话，让同学发言；了解思想，反映心声；弘扬正气，创建和谐！它的职责是在系团总支的指导下，通过开展各种调研活动及时了解同学们的思想动态、生活状况，充分反映学生意见，并形成调查报告，引导同学们关注国家大事、关注校园文化、关注自身发展。
2、办公室
整理、归并第二课堂的各种文件；承担会议的文件准备、会议记录工作；制作第二课堂名单。负责负责人和各部长之间的沟通，协调配合各部门工作，努力促成各部门之间默契配合、通力合作，使第二课堂工作顺利、高效开展；协助老师完成文件处理工作，及时、准确、到位地完成第二课堂精神的上传下达，完成第二课堂各项活动和会议，完成系里各项政策、决定的通知工作，同时负责活动的日常考勤工作。
3、信息部
信息部的日常工作围绕生物与食品工程系官网的宣传工作展开，主要负责撰写新闻稿件、提供信息（图片或视频）资讯、协调各部门工作。
4、活动管理部
协调管理活动的进程，联系活动举办方以及参加活动的同学，监督和促进学校活动的开展以及实施。对活动策划书的审核，评定活动是否开展。