亳州学院办公室，由院党委办公室、院长办公室、外事工作办公室合署办公，是学院的综合管理、协调机构。目前下设综合科、秘书科、法治科、外事科、机要科、综合档案室、文印室等科室，办公室工作人员共有12人。主要协助院领导协调、督促学院各部门的正常发挥职能，组织各项重大活动，承担学院公文管理、印章管理、信息报送、对外接待、值班值守、机关文印等工作任务。
院办公室通过有针对性的调查研究，为院领导决策提出参考意见，参与学院重大决策、重要改革措施和重要政策的制定；及时协调和督促上级机关和学院的各项政策、措施的落实，并及时向院领导反馈执行中的各种问题、意见和情况；加强印章管理及会议和文件管理，提高公文质量，提升机关工作效率；加强、协调与上级机关、兄弟单位的联系，促进学院各项工作的顺利进行。
在学院高质量发展过程中，院办公室将进一步树牢爱岗敬业、开拓奉献的精神，坚守“勤奋学习、精心做事、淡泊名利、热情服务”的工作理念，规范工作流程，提高管理水平，以更优质的服务，为学院发展作出更大贡献。